由于潮州尚在明军之手，所以陈锦并没有能够如历史上那般调集潮州清军东进，但是早前广东清军已经发动了对潮州的攻势，如黄应杰、张道瀛所部绿营在此时依旧对明军的螺河防线持续进攻。
对此，郑成功遣中权镇总兵官黄兴督陈尧策的护卫中镇和黄梧的英兵营屯扎南靖、平和一线，防备汀州绿营；遣护卫前镇总兵官黄大振率所部兵马同水师后军平夷侯周鹤芝、水师右军闽安侯周瑞等部拦截福建清军水师；并且派遣陈六御的北镇及信武营协守海澄。
确保了外围各要点的守御，郑成功凭地势，以右先锋镇总兵官黄廷督左冲镇、奇兵镇埋伏于后，以绝漳州清军夹击；以戎旗镇、左先锋镇、亲丁镇、礼武镇、援剿左镇、前锋镇、正兵营等部当道扎营；以援剿中镇埋伏树林，以为各镇援应；以援剿右镇埋伏深青桥、鸿渐尾一带，截其归路。
按照郑成功的布置，各镇前附山、后背水，并且领水师返回，自绝后路，效法淮阴侯背水列阵之法。同时传令全军，此战照大敌赏罚格。另外许督阵、监营以副将以下退却者当场枭示，统领总镇退却者捆解军前枭示之权，摆明了就是要在此与陈锦决一死战！
三月初十，陈锦大军抵近，扎营于牛蹄山。此处距离江东桥尚有五里之遥，明军先行扎营，已经将清军入援漳州的道路拦腰截断，并且占据了地利。
漳州府消息断绝，陈锦不敢在此滞留过久，至三月十三中午，亲率大军而来。清军抵近，探马见明军各镇营盘寂然不动，主力未敢轻进。直至抵近正兵营处，方发动进攻，以兵强攻营盘。
清军已动，郑成功当即下令，各镇蜂拥而出。清军分头迎敌，一时间混战当场，难以分出胜负。于是郑成功亲率戎旗镇向清军发起猛攻，清军不敌，少却。随后，礼武镇、亲丁镇、右先锋镇、左先锋镇、援剿左镇等部齐出，奋勇厮杀。同时，郝文兴率援剿中镇自树林杀出，直捣其中，清军败退。
明军乘胜追击，一路直抵清军牛蹄山大营，各镇齐集，继续追杀，清军再败，陈锦尽弃其衣甲辎重，奔命而走。至入夜时分，陈锦又遭黄山所部伏兵追杀，仓皇而退，仅以身免。
是役，清军尸横遍野，几近全军覆没，所获衣甲辎重不计其数。按照大敌升赏有差，郑成功以礼武镇陈俸、亲丁镇甘辉、右先锋镇黄廷、援剿右镇黄山等为首功。升黄山为前提督、甘辉为中提督、黄山为右提督，每提督下设左右两镇。另以右先锋镇副将廖敬管右先锋镇、以亲丁镇副将欧斌管亲丁镇、以援剿右镇副将余新管援剿右镇，正兵营改为正兵镇，营将陈埙升总兵官。
升赏过后，杀猪宰羊，以庆此大胜。
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