元朝统一中国后，白莲教受到朝廷承认和奖掖，进入全盛时期。
经过长期流传，元代白莲教的组织和教义都起了变化，戒律松懈，宗派林立。
一部分教派崇奉弥勒佛，宣扬“弥勒下生”这一本属弥勒净土法门的宗教谶言，有的教徒夜聚明散，集众滋事，间或武装反抗元廷统治。
至大元年，朝廷忌白莲教势力过大，下令禁止，故当元末社会矛盾激化时，一些白莲教组织成为率先反元的力量。
红巾起义领导人韩山童、刘福通、徐寿辉、邹普胜等都是白莲教徒，他们以明王出世和弥勒下生的谶言鼓动群众，产生很大影响。
而朱元章争夺天下的力量，一部分也来自于投靠的白莲教徒，所以也有传说起本人也是白莲教徒之一，只不过在皇位和教会之间，他选择了皇位。
不过也因此，朱元章对于白莲教巨大的能量是忌惮不已，所以明初朝廷一直严禁白莲教传播。
洪武、永乐年间，川鄂赣鲁等地多次发生白莲教徒武装暴动，有的还建号称帝，均被镇压。
明朝中期以后，白莲教也逐渐发生变化，不断用新的名字混淆视听，躲避官府追查。
这一时间里，白莲教教名目繁多，有金禅、无为、龙华、悟空、还源、圆顿、弘阳、弥勒、净空、大成、三阳、混源、闻香、罗道等数十种，有的一教数名。
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