澎湖巡检司不但是澎湖群岛的首次行政区划，也是台湾地区的首次官署设置，但台湾本岛并未在内，击败元朝取得政权的明王朝仍依循前例于澎湖设置该官署。
不过，由于倭寇出没，台澎地处海隅，时常遭遇倭寇袭击，运输辎重的货船也时常遭到抢掠，明政府遂采取坚壁清野政策，于1384年实施封海政策，予以废除。
巡检司是中国元明清时期县级衙门底下的基层组织，该组织于元朝创造时，通常为管辖人烟稀少地方的非常设组织，除了无行政裁量权之外，也没有常设主官管，而且没有什么军事力量。
明朝依其例沿用，不过左以行政权力。
不过也因为巡检司的建立，对列岛及周边海域实施管理，澎湖列岛也就此纳入中国版图。
近两千倭寇搭乘大批倭船逃离大陆，明军水师自然还是发觉了情况，只是此时天色昏暗，明军水师携带的强大的火器无法发挥出足够的力量，虽然成功拦截了部分倭船，可依旧有大批倭寇乘乱冲出明军水师的包围，随即扬帆而去。
清晨的时候，水师昨晚遇敌的消息传到明军军营中，俞大猷得知昨夜有倭船逃离，也是大惊失色。
这几天确实疏忽了，忘记了这两天风向有变。
若是在之前两天，倭寇船队绝迹不可能往外海冲的，自己的排兵布阵出现了纰漏。
不过还好，营中将领看得出来的还真没有。
别看戚继光是山东登州卫的世袭指挥，可登州卫不是登来水师，也是以陆战为主的卫所，顶天就是有几条渔船，自然对水战也是毫无了解的。
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