最终，与乘势向西北推进的蚩尤部落，在涿鹿地区相遭遇，引发了著名的“涿鹿之战”。
涿鹿之战爆发，尽管黄帝的部落很强，但仍然不是蚩尤部落的对手。
在战争之出，黄帝部落也多次败于蚩尤部落，有一次，蚩尤部落这边有能人作大雾弥漫三天三夜，将黄帝部落困于大雾之中。
幸得黄帝大臣风后发明了指南车，才使得黄帝部落逃出大雾。
久战不胜，黄帝又派出应龙出战。
水虺五百年化为蛟，蛟千年化为龙，龙五百年为角龙，千年为应龙。
应龙善蓄水，黄帝便让应龙蓄水，以阻断蚩尤部落的水源。
却不曾想，蚩尤又请来风伯、雨师二人助阵，施展神通，一时之间风雨大作，黄帝部落再次陷入困境。
随后，黄帝又请天女旱魃相助，这才阻止风雨，让天空放晴。
再战不胜，黄帝引兵退归太山之阿，之后，九天玄女降临相助。
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