吕宋总督府，设总督一人，品级为正二品，兼管民政、军队。
同时，总督府下设水师、步兵总兵各一人，分管水师、步兵，名列正四品。
虽然皇帝说是要放权，但文官的天性，让他们不得不考虑制衡，所以又设一按察使，署理司法、吏治事务。
按察使从二品。
其中，水师名为吕宋水师，从东海南海水师各抽调一部分人，组成三千人规模的水师。
而步兵则是三千人驻守吕宋。
「如此章程，吕宋总督衙门需要官三十
八人，吏一百五十人。」
吕大器颇为满意道：「如此一来，待两三年之后，统治稳固了，即可设为巡抚衙门，一如行省故。」
众人也都满意。
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